PipeBio

O PipeBio é uma poderosa plataforma de bioinformática baseada na nuvem, projetada para otimizar e acelerar a descoberta e o desenvolvimento de produtos biológicos, incluindo anticorpos, receptores de células T (TCRs) e peptídeos. Recentemente adquirida pela Benchling, uma plataforma líder de P&D na nuvem, a PipeBio oferece uma solução abrangente e completa para pesquisadores em ambientes acadêmicos e comerciais. Ela transforma dados brutos de sequência em insights acionáveis por meio de um conjunto de ferramentas sofisticadas de análise, visualização e gerenciamento de dados.

A plataforma foi construída para lidar com a complexidade e a escala da pesquisa moderna de produtos biológicos, suportando dados de várias tecnologias de sequenciamento como Sanger, Sequenciamento de Nova Geração (NGS) e plataformas de célula única (por exemplo, 10x Genomics). Ela capacita os cientistas a superar processos manuais e propensos a erros, oferecendo fluxos de trabalho padronizados e automatizados que aumentam a produtividade e a reprodutibilidade.

Como usar o PipeBio

O uso do PipeBio envolve um fluxo de trabalho estruturado, projetado para eficiência e profundo insight biológico:

1. Upload e Integração de Dados: Comece fazendo o upload de seus dados de sequência (por exemplo, FASTA, FASTQ de NGS ou Sanger) e dados de ensaios funcionais associados, como resultados de ELISA ou outros metadados. A plataforma também pode ser integrada a sistemas ELN/LIMS como o Benchling por meio de sua API REST.
2. Análise e Anotação de Sequências: Execute pipelines de análise padronizados ou personalizados com alguns cliques. O sistema anota automaticamente as sequências, identificando regiões-chave como Regiões de Estrutura (FRs) e Regiões Determinantes de Complementaridade (CDRs), detecta passivos baseados em sequência e realiza alinhamentos com a linha germinativa.
3. Clusterização e Comparação: Agrupe sequências em famílias clonais definindo clonótipos. Compare amostras de diferentes experimentos para analisar o enriquecimento e identificar variantes-chave.
4. Visualização Interativa: Explore seus dados usando um rico conjunto de gráficos e plots interativos. Visualize redes de clusters, frequências de aminoácidos, uso de genes, árvores filogenéticas e qualidade da sequência para obter uma compreensão mais profunda de seus repertórios.
5. Seleção de Hits e Candidatos: Combine dados de sequência com resultados de ensaios funcionais para identificar e selecionar os candidatos 'hit' mais promissores para desenvolvimento posterior. Filtre e ordene com base em múltiplos parâmetros para identificar leads com propriedades ideais.
6. Engenharia de Anticorpos: Utilize ferramentas integradas para projetar seus candidatos a lead. Edite sequências no nível de nucleotídeos ou proteínas, calcule propriedades de proteínas, analise a hidrofobicidade e otimize códons para síntese.
7. Automação e Relatórios: Aproveite a API REST para construir pipelines de análise totalmente automatizados, integrando o PipeBio ao seu ecossistema de P&D mais amplo. Gere relatórios avançados para documentar e compartilhar descobertas.

Recursos principais do PipeBio

• Anotação Avançada de Sequências: Identifica automaticamente FRs, CDRs, mutações e passivos para vários formatos de anticorpos (IgG, scFv, VHH), TCRs e arcabouços personalizados.
• Processamento de Dados em Grande Escala: Projetado para analisar eficientemente bilhões de sequências de plataformas NGS, Sanger e PacBio.
• Análise de Clonótipos e Clusterização: Algoritmos poderosos para agrupar sequências, identificar famílias clonais e comparar a diversidade e o enriquecimento de amostras.
• Visualização de Dados Interativa: Um conjunto de gráficos dinâmicos para explorar clusters de sequências, distribuições de aminoácidos, uso de genes V(D)J e relações filogenéticas.
• Integração de Dados Funcionais: Associe perfeitamente dados de sequência com resultados de ensaios funcionais e metadados para uma seleção e análise abrangente de hits.
• Suite de Engenharia de Anticorpos: Ferramentas para edição de sequência in-silico, cálculo de propriedades (por exemplo, hidrofobicidade) e otimização de códons.
• API REST e Integração: Uma API REST robusta permite acesso programático para integração com LIMS, ELNs e outras ferramentas internas, facilitando a automação completa do fluxo de trabalho.
• Segurança e Conformidade: Uma plataforma compatível com a ISO27001 que garante a segurança e a confidencialidade dos dados de pesquisa proprietários.

Casos de uso para o PipeBio

O PipeBio é fundamental em várias etapas de P&D de produtos biológicos:

• Descoberta de Anticorpos Terapêuticos: Análise de resultados de phage display, yeast display e outras tecnologias de seleção para identificar ligantes de alta afinidade.
• Perfil de Repertório Imunológico: Caracterização da diversidade de repertórios de células B e T em resposta à vacinação ou doença.
• Avaliação da Desenvolvabilidade de Anticorpos: Previsão e mitigação de riscos como agregação, identificando passivos de sequência no início do processo de descoberta.
• Otimização e Engenharia de Leads: Modificação de candidatos a anticorpos para melhorar sua eficácia, estabilidade e propriedades de fabricação.
• Pesquisa de Nanocorpos e Arcabouços Não-Anticorpos: Análise de formatos biológicos únicos como VHH de camelídeos ou arcabouços sintéticos como affibodies.
• Análise de Célula Única: Vinculação de pares de cadeias pesada e leve nativas de dados de sequenciamento de células B únicas com resultados funcionais.

Vantagens do PipeBio

O PipeBio oferece vantagens significativas para organizações de pesquisa:

• Escalabilidade: A arquitetura nativa da nuvem lida com conjuntos de dados massivos com facilidade, escalando de pequenos projetos acadêmicos a grandes pipelines empresariais.
• Solução Completa: Consolida várias ferramentas de bioinformática em uma única plataforma integrada, cobrindo o fluxo de trabalho desde os dados brutos até o lead projetado.
• Colaboração: Como um serviço baseado na nuvem, permite a colaboração perfeita entre os membros da equipe, independentemente de sua localização física.
• Personalização: A plataforma é altamente adaptável, permitindo que os usuários definam arcabouços personalizados, regras de passivos e fluxos de trabalho de análise para atender a necessidades de pesquisa específicas.
• Suporte Especializado: Os clientes recebem um gerente de sucesso científico para auxiliar com necessidades técnicas e otimização de fluxo de trabalho.

Preços e planos

O PipeBio oferece um modelo de assinatura em camadas para atender a diferentes necessidades organizacionais. Todos os planos são baseados em uma taxa de assinatura anual e incluem um teste gratuito para avaliação.

• Plano Acadêmico: Projetado para instituições acadêmicas (até 5 usuários), fornecendo recursos essenciais para análise de Sanger e NGS, visualização de dados e clusterização. Descontos podem estar disponíveis.
• Plano para Startups: Adaptado para empresas de biotecnologia em crescimento, com descontos especiais disponíveis para acomodar orçamentos de startups.
• Plano Comercial: A solução empresarial completa, a partir de US$ 70.000 por ano. Inclui todos os recursos acadêmicos, além de ferramentas avançadas para engenharia de anticorpos, fluxos de trabalho personalizados, relatórios avançados, SSO/SCIM e acesso total à API.

Para cotações detalhadas, desenvolvimento personalizado ou para solicitar um desconto para startups, as partes interessadas são incentivadas a entrar em contato diretamente com a equipe de vendas do PipeBio.