PipeBio

PipeBio ist eine leistungsstarke, cloudbasierte Bioinformatik-Plattform, die entwickelt wurde, um die Entdeckung und Entwicklung von Biologika, einschließlich Antikörpern, T-Zell-Rezeptoren (TCRs) und Peptiden, zu optimieren und zu beschleunigen. Kürzlich von Benchling, einer führenden F&E-Cloud-Plattform, übernommen, bietet PipeBio eine umfassende End-to-End-Lösung für Forscher in akademischen und kommerziellen Umgebungen. Es wandelt rohe Sequenzdaten durch eine Suite aus anspruchsvollen Analyse-, Visualisierungs- und Datenmanagement-Tools in handlungsorientierte Erkenntnisse um.

Die Plattform ist darauf ausgelegt, die Komplexität und den Umfang der modernen Biologika-Forschung zu bewältigen und unterstützt Daten aus verschiedenen Sequenzierungstechnologien wie Sanger, Next-Generation Sequencing (NGS) und Einzelzell-Plattformen (z. B. 10x Genomics). Sie befähigt Wissenschaftler, manuelle, fehleranfällige Prozesse hinter sich zu lassen und bietet standardisierte und automatisierte Arbeitsabläufe, die die Produktivität und Reproduzierbarkeit verbessern.

Wie man PipeBio verwendet

Die Verwendung von PipeBio umfasst einen strukturierten Arbeitsablauf, der auf Effizienz und tiefgreifende biologische Einblicke ausgelegt ist:

1. Daten-Upload & Integration: Beginnen Sie mit dem Hochladen Ihrer Sequenzdaten (z. B. FASTA, FASTQ von NGS oder Sanger) und zugehöriger funktioneller Assay-Daten, wie ELISA-Ergebnisse oder andere Metadaten. Die Plattform kann auch über ihre REST-API in ELN/LIMS-Systeme wie Benchling integriert werden.
2. Sequenzanalyse & Annotation: Führen Sie standardisierte oder benutzerdefinierte Analyse-Pipelines mit wenigen Klicks aus. Das System annotiert automatisch Sequenzen, identifiziert Schlüsselregionen wie Framework-Regionen (FRs) und komplementaritätsbestimmende Regionen (CDRs), erkennt sequenzbasierte Risiken und führt Keimbahn-Alignments durch.
3. Clustering & Vergleich: Gruppieren Sie Sequenzen in klonale Familien, indem Sie Klonotypen definieren. Vergleichen Sie Proben aus verschiedenen Experimenten, um die Anreicherung zu analysieren und Schlüsselvarianten zu identifizieren.
4. Interaktive Visualisierung: Erkunden Sie Ihre Daten mit einer reichhaltigen Auswahl an interaktiven Diagrammen und Plots. Visualisieren Sie Cluster-Netzwerke, Aminosäurefrequenzen, Gen-Nutzung, phylogenetische Bäume und Sequenzqualität, um ein tieferes Verständnis Ihrer Repertoires zu erlangen.
5. Hit-Picking & Kandidatenauswahl: Kombinieren Sie Sequenzdaten mit funktionellen Assay-Ergebnissen, um die vielversprechendsten 'Hit'-Kandidaten für die weitere Entwicklung zu identifizieren und auszuwählen. Filtern und sortieren Sie nach mehreren Parametern, um Leads mit optimalen Eigenschaften zu finden.
6. Antikörper-Engineering: Nutzen Sie integrierte Werkzeuge, um Ihre Lead-Kandidaten zu entwickeln. Bearbeiten Sie Sequenzen auf Nukleotid- oder Proteinebene, berechnen Sie Proteineigenschaften, analysieren Sie die Hydrophobizität und optimieren Sie Codons für die Synthese.
7. Automatisierung & Berichterstattung: Nutzen Sie die REST-API, um vollständig automatisierte Analyse-Pipelines zu erstellen und PipeBio in Ihr breiteres F&E-Ökosystem zu integrieren. Erstellen Sie erweiterte Berichte, um Ergebnisse zu dokumentieren und zu teilen.

Kernfunktionen von PipeBio

• Erweiterte Sequenzannotation: Identifiziert automatisch FRs, CDRs, Mutationen und Risiken für verschiedene Antikörperformate (IgG, scFv, VHH), TCRs und benutzerdefinierte Gerüste.
• Großskalige Datenverarbeitung: Entwickelt, um Milliarden von Sequenzen von NGS-, Sanger- und PacBio-Plattformen effizient zu analysieren.
• Klonotyp-Analyse & Clustering: Leistungsstarke Algorithmen zum Clustern von Sequenzen, zur Identifizierung klonaler Familien und zum Vergleich der Probenvielfalt und -anreicherung.
• Interaktive Datenvisualisierung: Eine Suite dynamischer Diagramme zur Erkundung von Sequenzclustern, Aminosäureverteilungen, V(D)J-Gen-Nutzung und phylogenetischen Beziehungen.
• Integration funktioneller Daten: Nahtlose Verknüpfung von Sequenzdaten mit funktionellen Assay-Ergebnissen und Metadaten für umfassendes Hit-Picking und Analyse.
• Antikörper-Engineering-Suite: Werkzeuge für die In-silico-Sequenzbearbeitung, Eigenschaftsberechnung (z. B. Hydrophobizität) und Codon-Optimierung.
• REST-API & Integration: Eine robuste REST-API ermöglicht den programmatischen Zugriff zur Integration mit LIMS, ELNs und anderen internen Werkzeugen und erleichtert die vollständige Automatisierung von Arbeitsabläufen.
• Sicherheit & Compliance: Eine ISO27001-konforme Plattform, die die Sicherheit und Vertraulichkeit proprietärer Forschungsdaten gewährleistet.

Anwendungsfälle für PipeBio

PipeBio ist in verschiedenen Phasen der F&E von Biologika von entscheidender Bedeutung:

• Therapeutische Antikörperentdeckung: Analyse der Ergebnisse von Phagen-Display, Hefe-Display und anderen Selektionstechnologien zur Identifizierung hochaffiner Binder.
• Immunrepertoire-Profiling: Charakterisierung der Vielfalt von B-Zell- und T-Zell-Repertoires als Reaktion auf Impfungen oder Krankheiten.
• Bewertung der Entwickelbarkeit von Antikörpern: Vorhersage und Minderung von Risiken wie Aggregation durch frühzeitige Identifizierung von Sequenzrisiken im Entdeckungsprozess.
• Lead-Optimierung & Engineering: Modifizierung von Antikörperkandidaten zur Verbesserung ihrer Wirksamkeit, Stabilität und Herstellungseigenschaften.
• Nanobody- und Nicht-Antikörper-Gerüstforschung: Analyse einzigartiger biologischer Formate wie VHH von Kameliden oder synthetischer Gerüste wie Affibodies.
• Einzelzellanalyse: Verknüpfung nativer schwerer und leichter Kettenpaare aus Einzel-B-Zell-Sequenzierungsdaten mit funktionellen Ergebnissen.

Vorteile von PipeBio

PipeBio bietet Forschungsorganisationen erhebliche Vorteile:

• Skalierbarkeit: Die cloud-native Architektur bewältigt mühelos riesige Datenmengen und skaliert von kleinen akademischen Projekten bis hin zu großen Unternehmens-Pipelines.
• End-to-End-Lösung: Es konsolidiert mehrere Bioinformatik-Tools in einer einzigen, integrierten Plattform und deckt den Arbeitsablauf von den Rohdaten bis zum entwickelten Lead ab.
• Zusammenarbeit: Als cloudbasierter Dienst ermöglicht es eine nahtlose Zusammenarbeit zwischen Teammitgliedern, unabhängig von ihrem physischen Standort.
• Anpassbarkeit: Die Plattform ist hochgradig anpassbar und ermöglicht es Benutzern, benutzerdefinierte Gerüste, Risikoregeln und Analyse-Workflows zu definieren, um spezifische Forschungsanforderungen zu erfüllen.
• Expertenunterstützung: Kunden wird ein wissenschaftlicher Erfolgsmanager zugewiesen, der bei technischen Anforderungen und der Optimierung von Arbeitsabläufen hilft.

Preise und Pläne

PipeBio bietet ein gestaffeltes Abonnementmodell, um den unterschiedlichen organisatorischen Anforderungen gerecht zu werden. Alle Pläne basieren auf einer jährlichen Abonnementgebühr und beinhalten eine kostenlose Testversion zur Evaluierung.

• Akademischer Plan: Konzipiert für akademische Einrichtungen (bis zu 5 Benutzer), der Kernfunktionen für die Sanger- und NGS-Analyse, Datenvisualisierung und Clustering bietet. Rabatte können verfügbar sein.
• Startup-Plan: Maßgeschneidert für wachsende Biotech-Unternehmen, mit speziellen Rabatten, um Startup-Budgets zu berücksichtigen.
• Kommerzieller Plan: Die voll funktionsfähige Unternehmenslösung, ab 70.000 USD pro Jahr. Sie umfasst alle akademischen Funktionen sowie erweiterte Werkzeuge für das Antikörper-Engineering, benutzerdefinierte Arbeitsabläufe, erweiterte Berichterstattung, SSO/SCIM und vollen API-Zugriff.

Für detaillierte Angebote, kundenspezifische Entwicklungen oder um einen Startup-Rabatt zu beantragen, werden Interessenten gebeten, sich direkt an das Vertriebsteam von PipeBio zu wenden.