PipeBio

PipeBio es una potente plataforma de bioinformática basada en la nube, diseñada para optimizar y acelerar el descubrimiento y desarrollo de productos biológicos, incluyendo anticuerpos, receptores de células T (TCR) y péptidos. Recientemente adquirida por Benchling, una plataforma líder de I+D en la nube, PipeBio proporciona una solución completa e integral para investigadores tanto en entornos académicos como comerciales. Transforma datos brutos de secuencias en información procesable a través de un conjunto de sofisticadas herramientas de análisis, visualización y gestión de datos.

La plataforma está construida para manejar la complejidad y la escala de la investigación moderna de productos biológicos, soportando datos de diversas tecnologías de secuenciación como Sanger, Secuenciación de Nueva Generación (NGS) y plataformas de célula única (p. ej., 10x Genomics). Permite a los científicos superar los procesos manuales y propensos a errores, ofreciendo flujos de trabajo estandarizados y automatizados que mejoran la productividad y la reproducibilidad.

Cómo usar PipeBio

El uso de PipeBio implica un flujo de trabajo estructurado, diseñado para la eficiencia y una profunda visión biológica:

1. Carga e Integración de Datos: Comience cargando sus datos de secuencia (p. ej., FASTA, FASTQ de NGS o Sanger) y los datos de ensayos funcionales asociados, como resultados de ELISA u otros metadatos. La plataforma también se puede integrar con sistemas ELN/LIMS como Benchling a través de su API REST.
2. Análisis y Anotación de Secuencias: Ejecute pipelines de análisis estandarizados o personalizados con unos pocos clics. El sistema anota automáticamente las secuencias, identificando regiones clave como las Regiones Marco (FR) y las Regiones Determinantes de Complementariedad (CDR), detecta responsabilidades basadas en la secuencia y realiza alineaciones con la línea germinal.
3. Agrupación y Comparación: Agrupe secuencias en familias clonales definiendo clonotipos. Compare muestras de diferentes experimentos para analizar el enriquecimiento e identificar variantes clave.
4. Visualización Interactiva: Explore sus datos utilizando un rico conjunto de gráficos y diagramas interactivos. Visualice redes de clústeres, frecuencias de aminoácidos, uso de genes, árboles filogenéticos y calidad de la secuencia para obtener una comprensión más profunda de sus repertorios.
5. Selección de 'Hits' y Candidatos: Combine datos de secuencias con resultados de ensayos funcionales para identificar y seleccionar los candidatos 'hit' más prometedores para un mayor desarrollo. Filtre y ordene basándose en múltiples parámetros para identificar los leads con propiedades óptimas.
6. Ingeniería de Anticuerpos: Utilice herramientas integradas para diseñar sus candidatos principales. Edite secuencias a nivel de nucleótidos o proteínas, calcule propiedades de las proteínas, analice la hidrofobicidad y optimice los codones para la síntesis.
7. Automatización e Informes: Aproveche la API REST para construir pipelines de análisis totalmente automatizados, integrando PipeBio en su ecosistema de I+D más amplio. Genere informes avanzados para documentar y compartir los hallazgos.

Características principales de PipeBio

• Anotación Avanzada de Secuencias: Identifica automáticamente FR, CDR, mutaciones y responsabilidades para diversos formatos de anticuerpos (IgG, scFv, VHH), TCR y andamios personalizados.
• Procesamiento de Datos a Gran Escala: Diseñado para analizar eficientemente miles de millones de secuencias de plataformas NGS, Sanger y PacBio.
• Análisis de Clonotipos y Agrupación: Potentes algoritmos para agrupar secuencias, identificar familias clonales y comparar la diversidad y el enriquecimiento de las muestras.
• Visualización de Datos Interactiva: Un conjunto de gráficos dinámicos para explorar clústeres de secuencias, distribuciones de aminoácidos, uso de genes V(D)J y relaciones filogenéticas.
• Integración de Datos Funcionales: Asocie sin problemas los datos de secuencia con los resultados de ensayos funcionales y metadatos para una selección y análisis exhaustivos de 'hits'.
• Suite de Ingeniería de Anticuerpos: Herramientas para la edición de secuencias in-silico, cálculo de propiedades (p. ej., hidrofobicidad) y optimización de codones.
• API REST e Integración: Una robusta API REST permite el acceso programático para la integración con LIMS, ELN y otras herramientas internas, facilitando la automatización completa del flujo de trabajo.
• Seguridad y Cumplimiento: Una plataforma compatible con ISO27001 que garantiza la seguridad y confidencialidad de los datos de investigación propietarios.

Casos de uso para PipeBio

PipeBio es fundamental en diversas etapas de la I+D de productos biológicos:

• Descubrimiento de Anticuerpos Terapéuticos: Análisis de los resultados de la presentación en fagos, la presentación en levaduras y otras tecnologías de selección para identificar aglutinantes de alta afinidad.
• Perfilado del Repertorio Inmunitario: Caracterización de la diversidad de los repertorios de células B y T en respuesta a la vacunación o la enfermedad.
• Evaluación de la Desarrollabilidad de Anticuerpos: Predicción y mitigación de riesgos como la agregación mediante la identificación temprana de responsabilidades de secuencia en el proceso de descubrimiento.
• Optimización e Ingeniería de Leads: Modificación de candidatos a anticuerpos para mejorar su eficacia, estabilidad y propiedades de fabricación.
• Investigación de Nanocuerpos y Andamios No-Anticuerpos: Análisis de formatos biológicos únicos como VHH de camélidos o andamios sintéticos como los affibodies.
• Análisis de Célula Única: Vinculación de pares de cadenas pesadas y ligeras nativas de datos de secuenciación de células B únicas con resultados funcionales.

Ventajas de PipeBio

PipeBio ofrece ventajas significativas para las organizaciones de investigación:

• Escalabilidad: La arquitectura nativa de la nube maneja conjuntos de datos masivos con facilidad, escalando desde pequeños proyectos académicos hasta grandes pipelines empresariales.
• Solución Integral: Consolida múltiples herramientas de bioinformática en una única plataforma integrada, cubriendo el flujo de trabajo desde los datos brutos hasta el lead diseñado.
• Colaboración: Como servicio basado en la nube, permite una colaboración fluida entre los miembros del equipo, independientemente de su ubicación física.
• Personalización: La plataforma es altamente adaptable, permitiendo a los usuarios definir andamios personalizados, reglas de responsabilidad y flujos de trabajo de análisis para adaptarse a necesidades de investigación específicas.
• Soporte Experto: A los clientes se les asigna un gerente de éxito científico para ayudar con las necesidades técnicas y la optimización del flujo de trabajo.

Precios y planes

PipeBio ofrece un modelo de suscripción por niveles para satisfacer las diferentes necesidades organizativas. Todos los planes se basan en una tarifa de suscripción anual e incluyen una prueba gratuita para evaluación.

• Plan Académico: Diseñado para instituciones académicas (hasta 5 usuarios), proporcionando características básicas para el análisis de Sanger y NGS, visualización de datos y agrupación. Pueden estar disponibles descuentos.
• Plan para Startups: Adaptado para empresas de biotecnología en crecimiento, con descuentos especiales disponibles para acomodar los presupuestos de las startups.
• Plan Comercial: La solución empresarial con todas las funciones, a partir de 70,000 USD al año. Incluye todas las características académicas más herramientas avanzadas para la ingeniería de anticuerpos, flujos de trabajo personalizados, informes avanzados, SSO/SCIM y acceso completo a la API.

Para obtener cotizaciones detalladas, desarrollo personalizado o para solicitar un descuento para startups, se anima a las partes interesadas a contactar directamente al equipo de ventas de PipeBio.