Platforma

Platforma es una aplicación de software de bioinformática de extremo a extremo desarrollada por MiLaboratories para campañas de descubrimiento de anticuerpos, TCR (receptores de células T) y péptidos a gran escala.

Platforma cubre tanto el descubrimiento in vitro (phage display y yeast display) como el descubrimiento in vivo (inmunización y análisis de célula única), ejecutando clonotipado, análisis de enriquecimiento, identificación de riesgos de desarrollo (liability flagging) y agrupamiento estructural en un único entorno gobernado y transparente de tipo white-box.

Platforma permite a los científicos de laboratorio experimental ejecutar flujos de trabajo computacionales complejos sin necesidad de contar con un equipo especializado en biología computacional.

Además, transforma lecturas NGS sin procesar en un panel clasificado de candidatos líderes diversos y con alto potencial de desarrollo.

Construida sobre MiXCR, una de las herramientas más utilizadas para el análisis de repertorios inmunitarios, Platforma proporciona soluciones de descubrimiento completas y diseñadas específicamente para cada aplicación.

Descubrimiento de anticuerpos in vitro

Permite analizar bibliotecas de phage display y yeast display, realizar el seguimiento del enriquecimiento durante las rondas de selección y separar los verdaderos ligandos de los clones pasajeros de rápido crecimiento.

Descubrimiento de anticuerpos in vivo

Permite resolver los emparejamientos naturales entre cadenas pesadas y ligeras (heavy/light chain pairing), rastrear la hipermutación somática hasta la línea germinal e integrar datos bulk, single-cell y multi-ómica en una única matriz de decisión.

Cómo utilizar Platforma

Platforma se implementa en la propia infraestructura del usuario (HPC o nube privada).

Los usuarios pueden seleccionar diferentes bloques biológicos existentes o crear bloques personalizados adaptados a sus protocolos experimentales.

Anotación y clonotipado

Procesa datos VDJ generados por 10x Genomics, datos de secuenciación de células B individuales y bibliotecas de display VHH/scFv/Fab mediante el motor MiXCR integrado.

Permite extraer clonotipos distintos y asignar genes V(D)J de forma inmediata.

Agrupamiento de clonotipos a gran escala

Gestiona millones de secuencias del repertorio de células B sin necesidad de un equipo dedicado de biología computacional.

Mediante el motor MMSeqs2, agrupa secuencias en familias funcionales diferenciadas según regiones CDR, regiones framework o secuencias completas.

Esto garantiza un panel de candidatos líderes con diversidad estructural.

Caracterización de bibliotecas

Evalúa la diversidad inicial de la biblioteca y su integridad estructural mediante métricas a nivel de secuencia durante todas las rondas de selección.

Seguimiento de linajes y árboles SHM

Construye árboles de hipermutación somática (SHM) para rastrear la maduración de afinidad desde ancestros comunes de la línea germinal.

Las relaciones filogenéticas permanecen completamente visibles, sin depender de una lógica oculta de caja negra.

Análisis de enriquecimiento

Calcula cambios de enriquecimiento (fold-change) entre diferentes rondas de selección.

Utiliza controles negativos para distinguir ligandos específicos del antígeno de clones pasajeros de crecimiento rápido.

Evaluación de desarrollabilidad e identificación de riesgos

Clasifica automáticamente candidatos de anticuerpos según su potencial de desarrollo.

Detecta riesgos estructurales y basados en secuencia directamente sobre el anticuerpo antes de realizar costosas validaciones experimentales.

Modelado estructural

Genera modelos tridimensionales de anticuerpos para evaluar superficies de parátopos y apoyar una selección basada en información estructural.

Priorización de candidatos líderes

Integra puntuaciones de enriquecimiento, indicadores de riesgo y datos de agrupamiento en un único espacio de trabajo.

Los resultados se visualizan mediante un mapa interactivo del espacio de anticuerpos.

Características principales de Platforma

Ensamblaje V(D)J y clonotipado con corrección de errores mediante MiXCR

Análisis de enriquecimiento y fold-change durante rondas de selección con seguimiento de controles negativos

Árboles de linaje de hipermutación somática (SHM) hasta ancestros germinales

Mapeo de especificidad antigénica — integración de marcadores de superficie, citometría de flujo y puntuaciones de unión antigénica con datos de repertorio para validar la función

Visualización interactiva de datos mediante gráficos dinámicos y UMAP para representar todo el espacio de anticuerpos

Agrupamiento estructural 3D y análisis de parátopos basado en epítopos predichos

Anotación de riesgos estructurales y de secuencia para reducir riesgos de desarrollo

Selección de paneles de candidatos líderes integrando enriquecimiento, riesgos, agrupamiento y datos funcionales

Principales casos de uso

Descubrimiento de anticuerpos in vitro

Analiza resultados de selección procedentes de tecnologías phage display y yeast display para identificar ligandos de alta afinidad y enriquecimiento estable.

Descubrimiento de anticuerpos in vivo

Descubre candidatos terapéuticos raros y de alta afinidad mediante el análisis de repertorios inmunitarios naturales.

Realiza el seguimiento de la hipermutación somática (SHM) mediante árboles filogenéticos robustos e integra datos single-cell multi-omics con emparejamientos naturales de cadenas pesada y ligera.

Descubrimiento de péptidos

Realiza el seguimiento del enriquecimiento en bibliotecas de display de péptidos para identificar candidatos diversos y desarrollables.

Investigación traslacional

Descifra el repertorio inmunitario adaptativo, relaciona directamente señales del repertorio TCR/BCR con resultados clínicos de pacientes y compara diferentes cohortes clínicas.

Análisis multi-ómico

Integra datos transcriptómicos y repertorios inmunitarios para descubrir nuevos marcadores celulares y vías funcionales enriquecidas.

Ventajas de Platforma

Flujo de trabajo end-to-end sin código (no-code)

Una solución completa que permite ejecutar todo el pipeline de descubrimiento mediante una interfaz de usuario interactiva.

Procesamiento de datos a escala de miles de millones

Diseñada para análisis masivos, procesa miles de millones de secuencias sin introducir limitaciones computacionales.

Selección inteligente de candidatos líderes

La selección de candidatos líderes filtra, puntúa y diversifica los resultados simultáneamente.

En lugar de utilizar una clasificación simple de tipo "Top-N", que puede generar selección de clones redundantes, Platforma selecciona el mejor representante de cada familia clonal.

De esta manera, proporciona candidatos líderes altamente desarrollables, estructuralmente diversos y optimizados en un único proceso integrado.

Adaptación a su biología, no al revés

Platforma se adapta a los requisitos biológicos del proyecto.

Admite formatos no estándar como VHH, anticuerpos biespecíficos mediante tecnología knob-in-hole, anticuerpos triespecíficos y scaffolds personalizados.

También permite configurar diseños experimentales avanzados como DMS, selección pH-switch, multi-arm panning y Tite-Seq según cualquier protocolo.

Si un bloque de análisis específico aún no existe, los científicos de MiLaboratories pueden desarrollarlo.

Transparencia total — sin cajas negras

Todos los filtros, pesos y reglas de clasificación pueden visualizarse y editarse.

La lógica de los bloques de análisis está basada en código abierto y en motores reconocidos como estándares de referencia, proporcionando un entorno completamente auditable.

Implementación donde se encuentran los datos

Puede implementarse en la nube privada del usuario o en entornos locales (on-premise).

La soberanía de los datos a nivel empresarial es una característica fundamental de la arquitectura de Platforma.