PipeBio

PipeBio est une puissante plateforme bio-informatique basée sur le cloud, conçue pour rationaliser et accélérer la découverte et le développement de produits biologiques, y compris les anticorps, les récepteurs de cellules T (TCR) et les peptides. Récemment acquise par Benchling, une plateforme de R&D de premier plan sur le cloud, PipeBio fournit une solution complète de bout en bout pour les chercheurs des milieux académiques et commerciaux. Elle transforme les données de séquences brutes en informations exploitables grâce à une suite d'outils sophistiqués d'analyse, de visualisation et de gestion des données.

La plateforme est conçue pour gérer la complexité et l'échelle de la recherche moderne sur les produits biologiques, en prenant en charge les données de diverses technologies de séquençage comme Sanger, le séquençage de nouvelle génération (NGS) et les plateformes à cellule unique (par exemple, 10x Genomics). Elle permet aux scientifiques de dépasser les processus manuels et sujets aux erreurs, en offrant des flux de travail standardisés et automatisés qui améliorent la productivité et la reproductibilité.

Comment utiliser PipeBio

L'utilisation de PipeBio implique un flux de travail structuré, conçu pour l'efficacité et une vision biologique approfondie :

1. Téléchargement et intégration des données : Commencez par télécharger vos données de séquences (par exemple, FASTA, FASTQ de NGS ou Sanger) et les données d'essais fonctionnels associées, telles que les résultats ELISA ou d'autres métadonnées. La plateforme peut également être intégrée à des systèmes ELN/LIMS comme Benchling via son API REST.
2. Analyse et annotation des séquences : Exécutez des pipelines d'analyse standardisés ou personnalisés en quelques clics. Le système annote automatiquement les séquences, identifiant les régions clés comme les régions charpentes (FR) et les régions déterminant la complémentarité (CDR), détecte les risques basés sur la séquence et effectue des alignements sur la lignée germinale.
3. Clustering et comparaison : Regroupez les séquences en familles clonales en définissant des clonotypes. Comparez les échantillons de différentes expériences pour analyser l'enrichissement et identifier les variants clés.
4. Visualisation interactive : Explorez vos données à l'aide d'un riche ensemble de graphiques et de diagrammes interactifs. Visualisez les réseaux de clusters, les fréquences d'acides aminés, l'utilisation des gènes, les arbres phylogénétiques et la qualité des séquences pour une compréhension plus approfondie de vos répertoires.
5. Sélection des 'hits' et des candidats : Combinez les données de séquences avec les résultats des essais fonctionnels pour identifier et sélectionner les candidats 'hit' les plus prometteurs pour un développement ultérieur. Filtrez et triez en fonction de plusieurs paramètres pour identifier les pistes aux propriétés optimales.
6. Ingénierie des anticorps : Utilisez les outils intégrés pour concevoir vos candidats principaux. Modifiez les séquences au niveau des nucléotides ou des protéines, calculez les propriétés des protéines, analysez l'hydrophobicité et optimisez les codons pour la synthèse.
7. Automatisation et rapports : Tirez parti de l'API REST pour créer des pipelines d'analyse entièrement automatisés, en intégrant PipeBio à votre écosystème de R&D plus large. Générez des rapports avancés pour documenter et partager les résultats.

Fonctionnalités principales de PipeBio

• Annotation avancée des séquences : Identifie automatiquement les FR, les CDR, les mutations et les risques pour divers formats d'anticorps (IgG, scFv, VHH), les TCR et les échafaudages personnalisés.
• Traitement de données à grande échelle : Conçu pour analyser efficacement des milliards de séquences provenant des plateformes NGS, Sanger et PacBio.
• Analyse de clonotypes et clustering : Des algorithmes puissants pour regrouper les séquences, identifier les familles clonales et comparer la diversité et l'enrichissement des échantillons.
• Visualisation de données interactive : Une suite de graphiques dynamiques pour explorer les clusters de séquences, les distributions d'acides aminés, l'utilisation des gènes V(D)J et les relations phylogénétiques.
• Intégration des données fonctionnelles : Associez de manière transparente les données de séquences aux résultats des essais fonctionnels et aux métadonnées pour une sélection et une analyse complètes des 'hits'.
• Suite d'ingénierie des anticorps : Outils pour l'édition de séquences in silico, le calcul de propriétés (par exemple, l'hydrophobicité) et l'optimisation des codons.
• API REST et intégration : Une API REST robuste permet un accès programmatique pour l'intégration avec les LIMS, les ELN et d'autres outils internes, facilitant l'automatisation complète du flux de travail.
• Sécurité et conformité : Une plateforme conforme à la norme ISO27001 garantissant la sécurité et la confidentialité des données de recherche exclusives.

Cas d'utilisation pour PipeBio

PipeBio est essentiel à différentes étapes de la R&D des produits biologiques :

• Découverte d'anticorps thérapeutiques : Analyse des résultats du 'phage display', du 'yeast display' et d'autres technologies de sélection pour identifier les liants à haute affinité.
• Profilage du répertoire immunitaire : Caractérisation de la diversité des répertoires de cellules B et T en réponse à la vaccination ou à la maladie.
• Évaluation de la développabilité des anticorps : Prédiction et atténuation des risques tels que l'agrégation en identifiant les risques liés à la séquence au début du processus de découverte.
• Optimisation et ingénierie des pistes : Modification des candidats anticorps pour améliorer leur efficacité, leur stabilité et leurs propriétés de fabrication.
• Recherche sur les nanocorps et les échafaudages non-anticorps : Analyse de formats biologiques uniques comme les VHH de camélidés ou les échafaudages synthétiques comme les affibodies.
• Analyse à cellule unique : Liaison des paires de chaînes lourdes et légères natives des données de séquençage de cellules B uniques avec les résultats fonctionnels.

Avantages de PipeBio

PipeBio offre des avantages significatifs pour les organismes de recherche :

• Évolutivité : L'architecture native du cloud gère facilement des ensembles de données massifs, passant de petits projets académiques à de grands pipelines d'entreprise.
• Solution de bout en bout : Elle consolide plusieurs outils bio-informatiques en une seule plateforme intégrée, couvrant le flux de travail des données brutes à la piste conçue.
• Collaboration : En tant que service basé sur le cloud, il permet une collaboration transparente entre les membres de l'équipe, quel que soit leur emplacement physique.
• Personnalisation : La plateforme est très adaptable, permettant aux utilisateurs de définir des échafaudages personnalisés, des règles de risque et des flux de travail d'analyse pour répondre à des besoins de recherche spécifiques.
• Support expert : Les clients se voient attribuer un responsable du succès scientifique pour les aider avec les besoins techniques et l'optimisation du flux de travail.

Tarification et plans

PipeBio propose un modèle d'abonnement à plusieurs niveaux pour répondre aux différents besoins organisationnels. Tous les plans sont basés sur des frais d'abonnement annuels et incluent un essai gratuit pour évaluation.

• Plan académique : Conçu pour les institutions académiques (jusqu'à 5 utilisateurs), fournissant des fonctionnalités de base pour l'analyse Sanger et NGS, la visualisation de données et le clustering. Des réductions peuvent être disponibles.
• Plan Startup : Adapté aux entreprises de biotechnologie en croissance, avec des réductions spéciales disponibles pour s'adapter aux budgets des startups.
• Plan commercial : La solution d'entreprise complète, à partir de 70 000 USD par an. Elle comprend toutes les fonctionnalités académiques ainsi que des outils avancés pour l'ingénierie des anticorps, les flux de travail personnalisés, les rapports avancés, le SSO/SCIM et un accès complet à l'API.

Pour des devis détaillés, un développement personnalisé ou pour demander une réduction pour startup, les parties intéressées sont encouragées à contacter directement l'équipe de vente de PipeBio.