Platforma

Platforma est une application logicielle de bioinformatique de bout en bout développée par MiLaboratories pour les campagnes de découverte à haut débit d’anticorps, de TCR (récepteurs des cellules T) et de peptides.

Platforma couvre à la fois la découverte in vitro (phage display et yeast display) et la découverte in vivo (immunisation et analyse unicellulaire). Elle réalise le clonotypage, l’analyse d’enrichissement, l’identification des risques de développement (liability flagging) et le regroupement structurel dans un environnement unique, gouverné et transparent de type « white-box ».

Platforma permet aux scientifiques travaillant en laboratoire expérimental d’exécuter des flux de travail computationnels complexes sans avoir besoin d’une équipe dédiée en biologie computationnelle.

Elle transforme également les données brutes issues des lectures NGS en un panel hiérarchisé de candidats leaders diversifiés et présentant un fort potentiel de développement.

Construite sur MiXCR, l’un des outils les plus largement utilisés pour le profilage des répertoires immunitaires, Platforma fournit des solutions de découverte complètes et spécialement conçues pour chaque application.

Découverte d’anticorps in vitro

Analyse les bibliothèques de phage display et de yeast display, suit l’enrichissement au cours des différentes étapes de sélection (panning) et distingue les véritables ligands des clones passagers à croissance rapide.

Découverte d’anticorps in vivo

Résout les appariements naturels entre chaînes lourdes et chaînes légères (heavy/light chain pairing), suit l’hypermutation somatique jusqu’à la lignée germinale et intègre les données bulk, single-cell et multi-omiques dans une matrice décisionnelle unique.

Comment utiliser Platforma

Platforma est déployée sur l’infrastructure propre de l’utilisateur (HPC ou cloud privé).

Les utilisateurs peuvent sélectionner différents blocs biologiques existants ou créer des blocs personnalisés adaptés à leurs protocoles expérimentaux.

Annotation et clonotypage

Traite les données VDJ issues de 10x Genomics, les données de séquençage de cellules B individuelles ainsi que les bibliothèques de display VHH/scFv/Fab grâce au moteur MiXCR intégré.

Cela permet d’extraire des clonotypes distincts et d’attribuer automatiquement les gènes V(D)J.

Regroupement de clonotypes à grande échelle

Permet de traiter des millions de séquences de répertoires de cellules B sans nécessiter une équipe spécialisée en biologie computationnelle.

Grâce au moteur MMSeqs2, les séquences sont regroupées en familles fonctionnelles distinctes selon les régions CDR, les régions framework ou les séquences complètes.

Cette approche garantit un panel de candidats leaders présentant une grande diversité structurelle.

Caractérisation des bibliothèques

Évalue la diversité initiale des bibliothèques ainsi que leur intégrité structurelle grâce à des indicateurs basés sur les séquences au cours des différentes étapes de sélection.

Suivi des lignées et arbres SHM

Construit des arbres d’hypermutation somatique (SHM) afin de suivre la maturation d’affinité depuis des ancêtres communs de la lignée germinale.

Les relations phylogénétiques restent entièrement visibles et ne sont pas masquées par une logique en boîte noire.

Analyse d’enrichissement

Calcule les variations d’enrichissement (fold-change) entre les différentes étapes de sélection.

Grâce aux contrôles négatifs, Platforma permet de distinguer les ligands spécifiques d’un antigène des clones passagers à croissance rapide.

Évaluation du potentiel de développement et identification des risques

Classe automatiquement les candidats anticorps selon leur potentiel de développement.

Les risques liés à la structure et à la séquence sont détectés directement sur les molécules avant la réalisation de validations expérimentales coûteuses.

Modélisation structurelle

Génère des modèles tridimensionnels d’anticorps afin d’évaluer les surfaces des paratopes et de soutenir une sélection guidée par les informations structurelles.

Priorisation des candidats leaders

Intègre les scores d’enrichissement, les indicateurs de risque et les données de regroupement dans un espace de travail unique.

Les résultats sont visualisés grâce à une carte interactive de l’espace des anticorps.

Fonctionnalités principales de Platforma

Assemblage V(D)J et clonotypage avec correction d’erreurs grâce à MiXCR

Analyse d’enrichissement et de fold-change au cours des étapes de sélection avec suivi des contrôles négatifs

Arbres de lignées d’hypermutation somatique (SHM) jusqu’aux ancêtres germinaux

Cartographie de la spécificité antigénique — intégration des marqueurs de surface, de la cytométrie en flux et des scores de liaison antigénique dans les données de répertoire pour valider la fonction

Visualisation interactive des données grâce à des graphiques dynamiques et à l’UMAP pour représenter l’ensemble de l’espace des anticorps

Regroupement structurel 3D et analyse des paratopes basée sur des épitopes prédits

Annotation des risques structurels et liés aux séquences pour réduire les risques de développement

Sélection de panels de candidats leaders intégrant enrichissement, risques, regroupement et données fonctionnelles

Principaux cas d’utilisation

Découverte d’anticorps in vitro

Analyse les résultats de sélection issus des technologies phage display et yeast display afin d’identifier des ligands à haute affinité et présentant un enrichissement stable.

Découverte d’anticorps in vivo

Identifie des candidats thérapeutiques rares et à haute affinité grâce à l’analyse des répertoires immunitaires naturels.

Suit l’hypermutation somatique (SHM) grâce à des arbres phylogénétiques robustes et intègre les données single-cell multi-omics avec les appariements naturels des chaînes lourdes et légères.

Découverte de peptides

Suit l’enrichissement dans les bibliothèques de display de peptides afin d’identifier des candidats diversifiés et présentant un bon potentiel de développement.

Recherche translationnelle

Décode le répertoire immunitaire adaptatif, associe directement les signaux des répertoires TCR/BCR aux résultats cliniques des patients et compare différentes cohortes cliniques.

Analyse multi-omique

Intègre les données transcriptomiques et les répertoires immunitaires afin d’identifier de nouveaux marqueurs cellulaires et des voies fonctionnelles enrichies.

Avantages de Platforma

Flux de travail end-to-end sans code (no-code)

Une solution complète permettant de piloter l’ensemble du pipeline de découverte via une interface utilisateur interactive.

Traitement des données à l’échelle du milliard

Conçue pour les analyses à très grande échelle, elle traite des milliards de séquences sans introduire de goulets d’étranglement computationnels.

Sélection intelligente des candidats leaders

La sélection des candidats leaders filtre, classe et diversifie simultanément les résultats.

Contrairement à une simple approche de classement « Top-N » qui peut conduire à sélectionner des clones redondants, Platforma sélectionne le meilleur représentant de chaque famille clonale.

Cette méthode permet d’obtenir des candidats leaders hautement développables, structurellement diversifiés et optimisés dans un processus intégré unique.

Adaptée à votre biologie, et non l’inverse

Platforma s’adapte aux exigences biologiques de votre projet.

Elle prend en charge des formats non conventionnels tels que les VHH, les anticorps bispécifiques utilisant la technologie knob-in-hole, les anticorps trispecifiques et les scaffolds personnalisés.

Elle permet également de configurer des conceptions expérimentales avancées telles que DMS, sélection pH-switch, multi-arm panning et Tite-Seq selon chaque protocole.

Si un bloc d’analyse spécifique n’existe pas encore, les scientifiques de MiLaboratories peuvent le développer.

Transparence totale — sans boîte noire

Tous les filtres, pondérations et règles de classement peuvent être visualisés et modifiés.

La logique des blocs d’analyse repose sur des technologies open source et des moteurs de référence reconnus, offrant un environnement entièrement auditable.

Déploiement là où se trouvent vos données

Platforma peut être déployée dans votre cloud privé ou dans des environnements locaux (on-premise).

La souveraineté des données au niveau entreprise constitue une caractéristique fondamentale de l’architecture Platforma.