PipeBio

PipeBio 是一个功能强大的、基于云的生物信息学平台，旨在简化和加速生物制剂（包括抗体、T细胞受体(TCR)和多肽）的发现与开发。作为领先的研发云平台 Benchling 的一员，PipeBio 为学术界和商业领域的研究人员提供了一个全面的端到端解决方案。它通过一套复杂的分析、可视化和数据管理工具，将原始序列数据转化为可操作的洞见。

该平台旨在处理现代生物制剂研究的复杂性和规模，支持来自各种测序技术的数据，如桑格测序、下一代测序(NGS)和单细胞平台（例如10x Genomics）。它使科学家能够摆脱手动、易出错的流程，提供标准化和自动化的工作流程，从而提高生产力和可重复性。

如何使用PipeBio

使用 PipeBio 涉及一个为效率和深度生物学洞察而设计的结构化工作流程：

1. 数据上传与集成： 首先上传您的序列数据（例如，来自NGS或桑格测序的FASTA、FASTQ文件）和相关的功能性实验数据，如ELISA结果或其他元数据。该平台还可以通过其REST API与ELN/LIMS系统（如Benchling）集成。
2. 序列分析与注释： 只需点击几下即可运行标准化或自定义的分析流程。系统会自动注释序列，识别框架区(FR)和互补决定区(CDR)等关键区域，检测基于序列的潜在风险，并执行种系比对。
3. 聚类与比较： 通过定义克隆型将序列分组到克隆家族中。比较不同实验的样本，以分析富集情况并识别关键变体。
4. 交互式可视化： 使用丰富的交互式图表和绘图来探索您的数据。可视化聚类网络、氨基酸频率、基因使用情况、系统发育树和序列质量，以更深入地了解您的抗体库。
5. “Hit”筛选与候选选择： 将序列数据与功能性实验结果相结合，以识别和选择最有希望的“hit”候选物进行进一步开发。根据多个参数进行筛选和排序，以确定具有最佳特性的先导分子。
6. 抗体工程： 利用内置工具对您的先导候选物进行工程改造。在核苷酸或蛋白质水平上编辑序列，计算蛋白质特性，分析疏水性，并优化用于合成的密码子。
7. 自动化与报告： 利用REST API构建完全自动化的分析流程，将PipeBio集成到您更广泛的研发生态系统中。生成高级报告以记录和分享研究结果。

PipeBio的核心功能

• 高级序列注释： 自动识别各种抗体格式（IgG、scFv、VHH）、TCR和自定义骨架的FR、CDR、突变和潜在风险。
• 大规模数据处理： 专为高效分析来自NGS、桑格和PacBio平台的数十亿条序列而设计。
• 克隆型分析与聚类： 强大的算法用于序列聚类、识别克隆家族以及比较样本多样性和富集度。
• 交互式数据可视化： 一套动态图表，用于探索序列聚类、氨基酸分布、V(D)J基因使用情况和系统发育关系。
• 功能数据集成： 无缝地将序列数据与功能性实验结果和元数据关联，以进行全面的“hit”筛选和分析。
• 抗体工程套件： 用于计算机序列编辑、特性计算（如疏水性）和密码子优化的工具。
• REST API与集成： 强大的REST API支持编程访问，可与LIMS、ELN和其他内部工具集成，促进完整的工作流程自动化。
• 安全性与合规性： 一个符合ISO27001标准的平台，确保专有研究数据的安全性和机密性。

PipeBio的使用案例

PipeBio 在生物制剂研发的各个阶段都发挥着关键作用：

• 治疗性抗体发现： 分析噬菌体展示、酵母展示和其他筛选技术的输出，以识别高亲和力的结合物。
• 免疫库分析： 表征响应疫苗接种或疾病的B细胞和T细胞库的多样性。
• 抗体可开发性评估： 在发现过程的早期通过识别序列潜在风险来预测和减轻聚集等风险。
• 先导物优化与工程： 修改抗体候选物以提高其功效、稳定性和生产特性。
• 纳米抗体和非抗体骨架研究： 分析独特的生物制剂格式，如来自骆驼科动物的VHH或像affibody这样的合成骨架。
• 单细胞分析： 将来自单B细胞测序数据的天然重链和轻链配对与功能结果联系起来。

PipeBio的优势特点

PipeBio为研究机构提供了显著的优势：

• 可扩展性： 云原生架构可轻松处理海量数据集，从小型学术项目扩展到大型企业流程。
• 端到端解决方案： 它将多种生物信息学工具整合到一个单一的集成平台中，涵盖从原始数据到工程化先导分子的整个工作流程。
• 协作性： 作为一项基于云的服务，它使团队成员之间能够无缝协作，无论他们身在何处。
• 可定制性： 该平台具有高度适应性，允许用户定义自定义骨架、潜在风险规则和分析工作流程，以适应特定的研究需求。
• 专家支持： 为客户指派一名科学成功经理，以协助解决技术需求和工作流程优化问题。

定价和计划

PipeBio 提供分层订阅模式，以满足不同组织的需求。所有计划均基于年度订阅费，并提供免费试用以供评估。

• 学术计划： 专为学术机构设计（最多5个用户），提供桑格和NGS分析、数据可视化和聚类的核心功能。可能提供折扣。
• 初创公司计划： 专为成长中的生物技术公司量身定制，提供特别折扣以适应初创公司的预算。
• 商业计划： 功能齐全的企业解决方案，起价为每年70,000美元。它包括所有学术功能，外加用于抗体工程、自定义工作流程、高级报告、SSO/SCIM和完整API访问的高级工具。

如需详细报价、定制开发或申请初创公司折扣，建议相关方直接联系PipeBio销售团队。