PipeBio

PipeBio 是一個功能強大的、基於雲端的生物資訊學平台，旨在簡化和加速生物製劑（包括抗體、T細胞受體(TCR)和多肽）的發現與開發。作為領先的研發雲端平台 Benchling 的一員，PipeBio 為學術界和商業領域的研究人員提供了一個全面的端到端解決方案。它透過一套複雜的分析、視覺化和數據管理工具，將原始序列數據轉化為可操作的洞見。

該平台旨在處理現代生物製劑研究的複雜性和規模，支援來自各種測序技術的數據，如桑格測序、次世代定序(NGS)和單細胞平台（例如10x Genomics）。它使科學家能夠擺脫手動、易出錯的流程，提供標準化和自動化的工作流程，從而提高生產力和可重複性。

如何使用PipeBio

使用 PipeBio 涉及一個為效率和深度生物學洞察而設計的結構化工作流程：

1. 數據上傳與整合： 首先上傳您的序列數據（例如，來自NGS或桑格測序的FASTA、FASTQ檔案）和相關的功能性實驗數據，如ELISA結果或其他元數據。該平台還可以透過其REST API與ELN/LIMS系統（如Benchling）整合。
2. 序列分析與註釋： 只需點擊幾下即可運行標準化或自定義的分析流程。系統會自動註釋序列，識別框架區(FR)和互補決定區(CDR)等關鍵區域，檢測基於序列的潛在風險，並執行種系比對。
3. 聚類與比較： 透過定義克隆型將序列分組到克隆家族中。比較不同實驗的樣本，以分析富集情況並識別關鍵變體。
4. 互動式視覺化： 使用豐富的互動式圖表和繪圖來探索您的數據。視覺化聚類網絡、氨基酸頻率、基因使用情況、系統發育樹和序列品質，以更深入地了解您的抗體庫。
5. 「Hit」篩選與候選選擇： 將序列數據與功能性實驗結果相結合，以識別和選擇最有希望的「hit」候選物進行進一步開發。根據多個參數進行篩選和排序，以確定具有最佳特性的先導分子。
6. 抗體工程： 利用內建工具對您的先導候選物進行工程改造。在核苷酸或蛋白質水平上編輯序列，計算蛋白質特性，分析疏水性，並優化用於合成的密碼子。
7. 自動化與報告： 利用REST API建構完全自動化的分析流程，將PipeBio整合到您更廣泛的研發生態系統中。生成高級報告以記錄和分享研究結果。

PipeBio的核心功能

• 進階序列註釋： 自動識別各種抗體格式（IgG、scFv、VHH）、TCR和自定義骨架的FR、CDR、突變和潛在風險。
• 大規模數據處理： 專為高效分析來自NGS、桑格和PacBio平台的數十億條序列而設計。
• 克隆型分析與聚類： 強大的演算法用於序列聚類、識別克隆家族以及比較樣本多樣性和富集度。
• 互動式數據視覺化： 一套動態圖表，用於探索序列聚類、氨基酸分佈、V(D)J基因使用情況和系統發育關係。
• 功能數據整合： 無縫地將序列數據與功能性實驗結果和元數據關聯，以進行全面的「hit」篩選和分析。
• 抗體工程套件： 用於電腦序列編輯、特性計算（如疏水性）和密碼子優化的工具。
• REST API與整合： 強大的REST API支援編程訪問，可與LIMS、ELN和其他內部工具整合，促進完整的工作流程自動化。
• 安全性與合規性： 一個符合ISO27001標準的平台，確保專有研究數據的安全性和機密性。

PipeBio的使用案例

PipeBio 在生物製劑研發的各個階段都發揮著關鍵作用：

• 治療性抗體發現： 分析噬菌體展示、酵母展示和其他篩選技術的輸出，以識別高親和力的結合物。
• 免疫庫分析： 表徵響應疫苗接種或疾病的B細胞和T細胞庫的多樣性。
• 抗體可開發性評估： 在發現過程的早期透過識別序列潛在風險來預測和減輕聚集等風險。
• 先導物優化與工程： 修改抗體候選物以提高其功效、穩定性和生產特性。
• 奈米抗體和非抗體骨架研究： 分析獨特的生物製劑格式，如來自駱駝科動物的VHH或像affibody這樣的合成骨架。
• 單細胞分析： 將來自單B細胞測序數據的天然重鏈和輕鏈配對與功能結果聯繫起來。

PipeBio的優勢特點

PipeBio為研究機構提供了顯著的優勢：

• 可擴展性： 雲端原生架構可輕鬆處理海量數據集，從小規模學術項目擴展到大規模企業流程。
• 端到端解決方案： 它將多種生物資訊學工具整合到一個單一的整合平台中，涵蓋從原始數據到工程化先導分子的整個工作流程。
• 協作性： 作為一項基於雲端的服務，它使團隊成員之間能夠無縫協作，無論他們身在何處。
• 可定制性： 該平台具有高度適應性，允許用戶定義自定義骨架、潛在風險規則和分析工作流程，以適應特定的研究需求。
• 專家支援： 為客戶指派一名科學成功經理，以協助解決技術需求和工作流程優化問題。

定價和計劃

PipeBio 提供分層訂閱模式，以滿足不同組織的需求。所有計劃均基於年度訂閱費，並提供免費試用以供評估。

• 學術計劃： 專為學術機構設計（最多5個用戶），提供桑格和NGS分析、數據視覺化和聚類的核心功能。可能提供折扣。
• 新創公司計劃： 專為成長中的生物技術公司量身定制，提供特別折扣以適應新創公司的預算。
• 商業計劃： 功能齊全的企業解決方案，起價為每年70,000美元。它包括所有學術功能，外加用於抗體工程、自定義工作流程、高級報告、SSO/SCIM和完整API訪問的高級工具。

如需詳細報價、定制開發或申請新創公司折扣，建議相關方直接聯繫PipeBio銷售團隊。