PipeBio

PipeBio là một nền tảng tin sinh học mạnh mẽ, dựa trên đám mây, được thiết kế để hợp lý hóa và đẩy nhanh quá trình khám phá và phát triển các sản phẩm sinh học, bao gồm kháng thể, thụ thể tế bào T (TCR) và peptide. Gần đây được Benchling, một nền tảng R&D hàng đầu trên đám mây, mua lại, PipeBio cung cấp một giải pháp toàn diện, từ đầu đến cuối cho các nhà nghiên cứu trong cả môi trường học thuật và thương mại. Nó biến đổi dữ liệu trình tự thô thành những hiểu biết có thể hành động thông qua một bộ công cụ phân tích, trực quan hóa và quản lý dữ liệu tinh vi.

Nền tảng này được xây dựng để xử lý sự phức tạp và quy mô của nghiên cứu sinh phẩm hiện đại, hỗ trợ dữ liệu từ các công nghệ giải trình tự khác nhau như Sanger, Giải trình tự thế hệ mới (NGS) và các nền tảng tế bào đơn (ví dụ: 10x Genomics). Nó trao quyền cho các nhà khoa học vượt qua các quy trình thủ công, dễ xảy ra lỗi, cung cấp các quy trình làm việc được tiêu chuẩn hóa và tự động hóa giúp nâng cao năng suất và khả năng tái tạo.

Cách sử dụng PipeBio

Sử dụng PipeBio bao gồm một quy trình làm việc có cấu trúc, được thiết kế để đạt hiệu quả và hiểu biết sâu sắc về sinh học:

1. Tải lên & Tích hợp Dữ liệu: Bắt đầu bằng cách tải lên dữ liệu trình tự của bạn (ví dụ: FASTA, FASTQ từ NGS hoặc Sanger) và dữ liệu xét nghiệm chức năng liên quan, chẳng hạn như kết quả ELISA hoặc siêu dữ liệu khác. Nền tảng cũng có thể được tích hợp với các hệ thống ELN/LIMS như Benchling thông qua API REST của nó.
2. Phân tích & Chú thích Trình tự: Chạy các quy trình phân tích được tiêu chuẩn hóa hoặc tùy chỉnh chỉ với vài cú nhấp chuột. Hệ thống tự động chú thích các trình tự, xác định các vùng chính như Vùng khung (FR) và Vùng xác định bổ sung (CDR), phát hiện các rủi ro dựa trên trình tự và thực hiện các phép so sánh dòng mầm.
3. Phân cụm & So sánh: Nhóm các trình tự thành các họ dòng bằng cách xác định các kiểu dòng (clonotype). So sánh các mẫu từ các thí nghiệm khác nhau để phân tích sự làm giàu và xác định các biến thể chính.
4. Trực quan hóa Tương tác: Khám phá dữ liệu của bạn bằng một bộ biểu đồ và đồ thị tương tác phong phú. Trực quan hóa mạng lưới cụm, tần suất axit amin, việc sử dụng gen, cây phát sinh loài và chất lượng trình tự để hiểu sâu hơn về các kho lưu trữ của bạn.
5. Lựa chọn 'Hit' & Ứng viên: Kết hợp dữ liệu trình tự với kết quả xét nghiệm chức năng để xác định và lựa chọn các ứng cử viên 'hit' hứa hẹn nhất để phát triển thêm. Lọc và sắp xếp dựa trên nhiều thông số để xác định các ứng viên tiềm năng có đặc tính tối ưu.
6. Kỹ thuật Kháng thể: Sử dụng các công cụ tích hợp để thiết kế các ứng cử viên tiềm năng của bạn. Chỉnh sửa trình tự ở cấp độ nucleotide hoặc protein, tính toán các thuộc tính của protein, phân tích tính kỵ nước và tối ưu hóa codon để tổng hợp.
7. Tự động hóa & Báo cáo: Tận dụng API REST để xây dựng các quy trình phân tích hoàn toàn tự động, tích hợp PipeBio vào hệ sinh thái R&D rộng lớn hơn của bạn. Tạo các báo cáo nâng cao để ghi lại và chia sẻ các phát hiện.

Tính năng chính của PipeBio

• Chú thích Trình tự Nâng cao: Tự động xác định FR, CDR, đột biến và các rủi ro cho các định dạng kháng thể khác nhau (IgG, scFv, VHH), TCR và các khung tùy chỉnh.
• Xử lý Dữ liệu Quy mô lớn: Được thiết kế để phân tích hiệu quả hàng tỷ trình tự từ các nền tảng NGS, Sanger và PacBio.
• Phân tích Kiểu dòng & Phân cụm: Các thuật toán mạnh mẽ để phân cụm trình tự, xác định các họ dòng và so sánh sự đa dạng và làm giàu của mẫu.
• Trực quan hóa Dữ liệu Tương tác: Một bộ biểu đồ động để khám phá các cụm trình tự, phân bố axit amin, việc sử dụng gen V(D)J và các mối quan hệ phát sinh loài.
• Tích hợp Dữ liệu Chức năng: Liên kết liền mạch dữ liệu trình tự với kết quả xét nghiệm chức năng và siêu dữ liệu để lựa chọn và phân tích 'hit' toàn diện.
• Bộ công cụ Kỹ thuật Kháng thể: Các công cụ để chỉnh sửa trình tự in-silico, tính toán thuộc tính (ví dụ: tính kỵ nước) và tối ưu hóa codon.
• API REST & Tích hợp: Một API REST mạnh mẽ cho phép truy cập theo chương trình để tích hợp với LIMS, ELN và các công cụ nội bộ khác, tạo điều kiện cho việc tự động hóa toàn bộ quy trình làm việc.
• Bảo mật & Tuân thủ: Một nền tảng tuân thủ ISO27001 đảm bảo an ninh và bảo mật dữ liệu nghiên cứu độc quyền.

Các trường hợp sử dụng PipeBio

PipeBio đóng vai trò quan trọng trong các giai đoạn khác nhau của R&D sinh phẩm:

• Khám phá Kháng thể Trị liệu: Phân tích kết quả từ hiển thị phage, hiển thị nấm men và các công nghệ lựa chọn khác để xác định các chất liên kết có ái lực cao.
• Lập hồ sơ Kho lưu trữ Miễn dịch: Đặc trưng hóa sự đa dạng của các kho lưu trữ tế bào B và tế bào T để đáp ứng với việc tiêm chủng hoặc bệnh tật.
• Đánh giá Khả năng Phát triển Kháng thể: Dự đoán và giảm thiểu các rủi ro như sự kết tụ bằng cách xác định các rủi ro về trình tự sớm trong quá trình khám phá.
• Tối ưu hóa & Kỹ thuật Ứng viên tiềm năng: Sửa đổi các ứng cử viên kháng thể để cải thiện hiệu quả, độ ổn định và các đặc tính sản xuất của chúng.
• Nghiên cứu Nanobody và Khung không phải kháng thể: Phân tích các định dạng sinh học độc đáo như VHH từ lạc đà hoặc các khung tổng hợp như affibody.
• Phân tích Tế bào đơn: Liên kết các cặp chuỗi nặng và nhẹ tự nhiên từ dữ liệu giải trình tự tế bào B đơn với các kết quả chức năng.

Ưu điểm của PipeBio

PipeBio mang lại những lợi thế đáng kể cho các tổ chức nghiên cứu:

• Khả năng mở rộng: Kiến trúc gốc đám mây xử lý các bộ dữ liệu khổng lồ một cách dễ dàng, mở rộng từ các dự án học thuật nhỏ đến các quy trình doanh nghiệp quy mô lớn.
• Giải pháp Toàn diện: Nó hợp nhất nhiều công cụ tin sinh học vào một nền tảng tích hợp duy nhất, bao gồm quy trình làm việc từ dữ liệu thô đến ứng viên tiềm năng được thiết kế.
• Hợp tác: Là một dịch vụ dựa trên đám mây, nó cho phép sự hợp tác liền mạch giữa các thành viên trong nhóm, bất kể vị trí thực tế của họ.
• Khả năng tùy chỉnh: Nền tảng có khả năng thích ứng cao, cho phép người dùng xác định các khung tùy chỉnh, quy tắc rủi ro và quy trình phân tích để phù hợp với các nhu cầu nghiên cứu cụ thể.
• Hỗ trợ Chuyên gia: Khách hàng được chỉ định một người quản lý thành công khoa học để hỗ trợ các nhu cầu kỹ thuật và tối ưu hóa quy trình làm việc.

Giá cả và gói dịch vụ

PipeBio cung cấp một mô hình đăng ký theo cấp để đáp ứng các nhu cầu tổ chức khác nhau. Tất cả các gói đều dựa trên phí đăng ký hàng năm và bao gồm bản dùng thử miễn phí để đánh giá.

• Gói Học thuật: Được thiết kế cho các tổ chức học thuật (tối đa 5 người dùng), cung cấp các tính năng cốt lõi để phân tích Sanger và NGS, trực quan hóa dữ liệu và phân cụm. Có thể có giảm giá.
• Gói Khởi nghiệp: Dành riêng cho các công ty công nghệ sinh học đang phát triển, với các chương trình giảm giá đặc biệt để phù hợp với ngân sách của các công ty khởi nghiệp.
• Gói Thương mại: Giải pháp doanh nghiệp đầy đủ tính năng, bắt đầu từ 70.000 USD mỗi năm. Nó bao gồm tất cả các tính năng học thuật cộng với các công cụ nâng cao cho kỹ thuật kháng thể, quy trình làm việc tùy chỉnh, báo cáo nâng cao, SSO/SCIM và quyền truy cập API đầy đủ.

Để biết báo giá chi tiết, phát triển tùy chỉnh hoặc để đăng ký giảm giá cho công ty khởi nghiệp, các bên quan tâm được khuyến khích liên hệ trực tiếp với đội ngũ bán hàng của PipeBio.