PipeBio

PipeBio는 항체, T세포 수용체(TCR), 펩타이드를 포함한 바이오 의약품의 발견 및 개발을 간소화하고 가속화하기 위해 설계된 강력한 클라우드 기반 생물정보학 플랫폼입니다. 선도적인 R&D 클라우드 플랫폼인 Benchling에 최근 인수된 PipeBio는 학계 및 상업 환경의 연구자들에게 포괄적인 엔드투엔드 솔루션을 제공합니다. 정교한 분석, 시각화 및 데이터 관리 도구 모음을 통해 원시 시퀀스 데이터를 실행 가능한 통찰력으로 변환합니다.

이 플랫폼은 Sanger, 차세대 시퀀싱(NGS), 단일 세포 플랫폼(예: 10x Genomics)과 같은 다양한 시퀀싱 기술의 데이터를 지원하며 현대 바이오 의약품 연구의 복잡성과 규모를 처리하도록 구축되었습니다. 과학자들이 수동적이고 오류가 발생하기 쉬운 프로세스에서 벗어나 생산성과 재현성을 향상시키는 표준화되고 자동화된 워크플로우를 제공합니다.

PipeBio 사용 방법

PipeBio 사용은 효율성과 깊은 생물학적 통찰력을 위해 설계된 구조화된 워크플로우를 따릅니다:

1. 데이터 업로드 및 통합: 시퀀스 데이터(예: NGS 또는 Sanger의 FASTA, FASTQ)와 ELISA 결과 또는 기타 메타데이터와 같은 관련 기능 분석 데이터를 업로드하여 시작합니다. 플랫폼은 REST API를 통해 Benchling과 같은 ELN/LIMS 시스템과 통합될 수도 있습니다.
2. 시퀀스 분석 및 주석: 몇 번의 클릭으로 표준화되거나 맞춤형 분석 파이프라인을 실행합니다. 시스템은 자동으로 시퀀스에 주석을 달고, 프레임워크 영역(FR) 및 상보성 결정 영역(CDR)과 같은 주요 영역을 식별하고, 시퀀스 기반 잠재적 문제점을 감지하며, 생식선 정렬을 수행합니다.
3. 클러스터링 및 비교: 클론 타입을 정의하여 시퀀스를 클론 패밀리로 그룹화합니다. 다른 실험 간의 샘플을 비교하여 농축을 분석하고 주요 변이체를 식별합니다.
4. 대화형 시각화: 풍부한 대화형 차트 및 플롯을 사용하여 데이터를 탐색합니다. 클러스터 네트워크, 아미노산 빈도, 유전자 사용, 계통수 및 시퀀스 품질을 시각화하여 레퍼토리에 대한 더 깊은 이해를 얻습니다.
5. 히트 피킹 및 후보 선택: 시퀀스 데이터를 기능 분석 결과와 결합하여 추가 개발을 위한 가장 유망한 '히트' 후보를 식별하고 선택합니다. 여러 매개변수를 기반으로 필터링하고 정렬하여 최적의 특성을 가진 리드를 정확히 찾아냅니다.
6. 항체 엔지니어링: 내장된 도구를 활용하여 리드 후보를 엔지니어링합니다. 뉴클레오티드 또는 단백질 수준에서 시퀀스를 편집하고, 단백질 특성을 계산하고, 소수성을 분석하고, 합성을 위해 코돈을 최적화합니다.
7. 자동화 및 보고: REST API를 활용하여 완전히 자동화된 분석 파이프라인을 구축하고 PipeBio를 더 넓은 R&D 생태계에 통합합니다. 고급 보고서를 생성하여 결과를 문서화하고 공유합니다.

PipeBio의 핵심 기능

• 고급 시퀀스 주석: 다양한 항체 형식(IgG, scFv, VHH), TCR 및 맞춤형 스캐폴드에 대한 FR, CDR, 돌연변이 및 잠재적 문제점을 자동으로 식별합니다.
• 대규모 데이터 처리: NGS, Sanger 및 PacBio 플랫폼에서 수십억 개의 시퀀스를 효율적으로 분석하도록 설계되었습니다.
• 클론 타입 분석 및 클러스터링: 시퀀스 클러스터링, 클론 패밀리 식별, 샘플 다양성 및 농축 비교를 위한 강력한 알고리즘.
• 대화형 데이터 시각화: 시퀀스 클러스터, 아미노산 분포, V(D)J 유전자 사용 및 계통 발생 관계를 탐색하기 위한 동적 차트 모음.
• 기능 데이터 통합: 포괄적인 히트 피킹 및 분석을 위해 시퀀스 데이터를 기능 분석 결과 및 메타데이터와 원활하게 연결합니다.
• 항체 엔지니어링 스위트: 인실리코 시퀀스 편집, 특성 계산(예: 소수성) 및 코돈 최적화를 위한 도구.
• REST API 및 통합: 강력한 REST API는 LIMS, ELN 및 기타 내부 도구와의 통합을 위한 프로그래밍 방식 액세스를 가능하게 하여 전체 워크플로우 자동화를 용이하게 합니다.
• 보안 및 규정 준수: 독점 연구 데이터의 보안 및 기밀성을 보장하는 ISO27001 준수 플랫폼.

PipeBio의 사용 사례

PipeBio는 바이오 의약품 R&D의 다양한 단계에서 중요한 역할을 합니다:

• 치료용 항체 발견: 파지 디스플레이, 효모 디스플레이 및 기타 선택 기술의 출력을 분석하여 고친화성 결합체를 식별합니다.
• 면역 레퍼토리 프로파일링: 백신 접종 또는 질병에 대한 반응으로 B세포 및 T세포 레퍼토리의 다양성을 특성화합니다.
• 항체 개발 가능성 평가: 발견 과정 초기에 시퀀스 잠재적 문제점을 식별하여 응집과 같은 위험을 예측하고 완화합니다.
• 리드 최적화 및 엔지니어링: 효능, 안정성 및 제조 특성을 개선하기 위해 항체 후보를 수정합니다.
• 나노바디 및 비항체 스캐폴드 연구: 낙타과 동물의 VHH 또는 아피바디와 같은 합성 스캐폴드와 같은 독특한 생물학적 형식을 분석합니다.
• 단일 세포 분석: 단일 B세포 시퀀싱 데이터의 천연 중쇄 및 경쇄 쌍을 기능적 결과와 연결합니다.

PipeBio의 장점

PipeBio는 연구 기관에 상당한 이점을 제공합니다:

• 확장성: 클라우드 네이티브 아키텍처는 대규모 데이터 세트를 쉽게 처리하며, 소규모 학술 프로젝트에서 대규모 기업 파이프라인까지 확장됩니다.
• 엔드투엔드 솔루션: 여러 생물정보학 도구를 단일 통합 플랫폼으로 통합하여 원시 데이터에서 엔지니어링된 리드까지의 워크플로우를 포괄합니다.
• 협업: 클라우드 기반 서비스로서 물리적 위치에 관계없이 팀원 간의 원활한 협업을 가능하게 합니다.
• 맞춤화: 플랫폼은 적응성이 뛰어나 사용자가 특정 연구 요구에 맞게 맞춤형 스캐폴드, 잠재적 문제점 규칙 및 분석 워크플로우를 정의할 수 있습니다.
• 전문가 지원: 고객에게는 기술적 요구 사항 및 워크플로우 최적화를 지원하는 과학 성공 관리자가 배정됩니다.

가격 및 플랜

PipeBio는 다양한 조직의 요구에 부응하기 위해 계층형 구독 모델을 제공합니다. 모든 플랜은 연간 구독료를 기반으로 하며 평가를 위한 무료 평가판을 포함합니다.

• 학술 플랜: 학술 기관(최대 5명 사용자)을 위해 설계되었으며 Sanger 및 NGS 분석, 데이터 시각화 및 클러스터링을 위한 핵심 기능을 제공합니다. 할인이 제공될 수 있습니다.
• 스타트업 플랜: 성장하는 바이오테크 기업에 맞춰져 있으며, 스타트업 예산에 맞게 특별 할인이 제공됩니다.
• 상업 플랜: 연간 70,000달러부터 시작하는 모든 기능을 갖춘 엔터프라이즈 솔루션입니다. 모든 학술 기능과 더불어 항체 엔지니어링, 맞춤형 워크플로우, 고급 보고, SSO/SCIM 및 전체 API 액세스를 위한 고급 도구를 포함합니다.

자세한 견적, 맞춤형 개발 또는 스타트업 할인을 신청하려면 관련 당사자가 PipeBio 영업팀에 직접 문의하는 것이 좋습니다.